Depuis septembre 2022, le Département s’est doté d’une cellule d’animation et de suivi des travaux en rivières et zones humides (dénommée cellule ASTER).
27 sites naturels sont labellisés "Espaces Naturels Sensibles" dans l’Indre. Le Département mène une politique active, depuis 1989, pour identifier, préserver les milieux naturels remarquables dans le département et permettre au public de les découvrir.
Les agents du Département réalisent le fauchage des bords des routes pour assurer la sécurité des usagers. Depuis plusieurs années, le Département de l'Indre pratique un fauchage différencié afin de préserver la faune et la flore.